Integration of genomics in surveillance and risk assessment for outbreak investigation
Data di pubblicazione: 25/05/2022
Ambito sintetico: Valutazione del Rischio, Resistenza agli agenti antimicrobici, EUFORA
Sintesi a cura dell'Università di Parma: Integrazione delle tecniche genomiche nel campo della sorveglianza e dell’analisi del rischio delle epidemie
Collegamenti tematici: Valutazione del Rischio, Resistenza agli agenti antimicrobici, EUFORA
Garantire la sicurezza degli alimenti è un requisito fondamentale ed una sfida sempre più complicata per gli operatori del settore alimentare e le autorità dell’Unione europea. Per il bene e la salute dei consumatori i prodotti destinati al consumo umano ed animale hanno necessità di una sorveglianza continua. Infatti, il problema principale successivo allo scatenarsi di focolaio di origine alimentare è rappresentato dall'identificazione di quale, o quali, siano le fonti di contaminazione. Fornire queste informazioni in modo tempestivo aiuta a controllare e gestire il problema con esiti positivi per tutti, in particolare per i consumatori, e per tutti gli operatori del settore coinvolti nella produzione e distribuzione degli alimenti che potrebbero subire enormi perdite economiche qualora si verificassero richiami di prodotto già presente sul mercato. Per questi motivi, la moderna tecnica del sequenziamento del genoma intero (in inglese Whole Genome Sequencing) è uno strumento recentemente implementato per la caratterizzazione dei microrganismi isolati da focolai ed il loro studio, soprattutto grazie alla sua maggiore efficienza e ai risultati più rapidi, rispetto ai metodi di tipizzazione tradizionalmente usati. I minori costi di sequenziamento e lo sviluppo di molti strumenti bioinformatici ne hanno favorito la diffusione, impulsando il suo utilizzo per indagini a riguardo di epidemie in ambito alimentare. Tuttavia, per garantire la riproducibilità e l'interoperabilità dei risultati ottenuti da questa tecnica, è importante raggiungere un certo livello di standardizzazione. Esempi sono le pratiche oggi diffuse di “scienza aperta” mirate alla condivisione dei dati ottenuti con le nuove tecniche di sequenziamento tramite database pubblicamente disponibili, in cui è possibile trovare e scaricare facilmente le informazioni necessarie agli scienziati per la corretta sorveglianza e valutazione del rischio dal campo alla tavola (in inglese from farm to fork).