Il complesso processo di diagnosi di malattia professionale da parte del medico competente è stato semplificato da un utile guida alle sue varie fasi proposta dal NIOSH nel 1979, recentemente riportato anche nel documento redatto dal gruppo di lavoro SIMLII sull'argomento iter diagnostico, gestione e riconoscimento delle patologie lavoro-correlate nel 2014. Questa guida divide quindi il processo in varie fasi; la prima di queste è la diagnosi nosologica della malattia. Il medico accerta in primis la possibilità teorica della sussistenza del nesso causale con l'attività lavorativa svolta e, successivamente, cercherà di definire l'effettiva esposizione del lavoratore allo specifico fattore di rischio, valutando quantità, tempo e modalità di esposizione. Valutata l'idoneità lesiva di questa, redigerà quindi il certificato medico di malattia professionale.