L'Italia presenta la più ricca flora vascolare europea (dati Annotated Italian Checklist of Vascular Flora 2005) con 7634 tra specie e sottospecie (erano 5823 le specie secondo l'aggiornamento Pignatti 2001), delle quali 6852 autoctone (le endemiche o subendemiche sono ben 1021) e 782 aliene naturalizzate.
Si tratta, come detto, delle specie espressamente elencate nella Direttiva la cui conservazione richiede la designazione di zone speciali di conservazione (All.II), delle specie che richiedono una protezione rigorosa in senso generale su tutto il territorio (All.IV) e di quelle - sempre di interesse comunitario - il cui prelievo nella natura e il cui sfruttamento potrebbero formare oggetto di misure di gestione (All.V).
Si noti che l'elenco (29 soggetti) è ricco di entità probabilmente estinte in Emilia-Romagna o delle quali francamente si sa poco.
Le specie dell'All.II sicuramente presenti (e riportate nell'apposita sezione "3.2.g PIANTE" dei formulari) sono 8, delle quali 2 prioritarie. Le entità degli All.IV e V presenti in regione, riportate nei formulari alla successiva sezione 3.3 "Altre specie importanti di Flora e di Fauna", sono 15, delle quali 1 lichene, 2 felci, 2 alghe e 2 muschi di incerta o localizzatissima distribuzione.
Nell'elenco complessivo compaiono - in rosso - ulteriori 6 specie non più reperite nelle stazioni regionali d'origine e da considerarsi, per il momento, probabilmente estinte sul territorio regionale.
Merita a parte un accenno il caso di 3 specie dell'All.II estranee alla flora regionale, che sono state oggetto di indagini anche a causa delle affinità tassonomiche con altre specie segnalate in regione e altrettanto rare. Linum maritimum muelleri e Stipa veneta (prioritarie) non registrano stazioni sul territorio regionale, tuttavia in Emilia-Romagna sono da considerarsi rare e da proteggere le affini Linum maritimum, mediterranea e Stipa (tutto il genere), presente con alcune specie tra le quali l'endemica Stipa etrusca. Per quanto riguarda Centaurea kartschiana, il fiordaliso delle scogliere triestine considerato sottospecie del gruppo spinoso-ciliata, è presente nella flora regionale Centaurea tommasinii, del medesimo gruppo endemico alto adriatico e analogamente rara.
Oltre alle precedenti di interesse comunitario, la flora regionale annovera numerose specie di grande interesse per la conservazione della biodiversità, in quanto rare. Il concetto di rarità nel mondo vegetale è estremamente complesso, essendo difficile analizzare le cause e il comportamento dei viventi anche "apparentemente" immobili come le piante; è comunque intuitivo cogliere immediatamente un concetto di rarità assoluta (a livello europeo, secondo i criteri proposti, ad esempio, da rete Natura 2000) e uno di rarità relativa o locale attinente la sfera regionale. Rarità e rarefazione sono per le piante concetti analoghi, soprattutto là dove la specie è quasi sempre indicatrice di un certo tipo di ambiente fortemente selettivo, caratterizzato da fattori limitanti ai quali solo alcuni si sono progressivamente adattati per sfuggire alla concorrenza con gli altri. Quando poi si sovrappone l'azione umana a trasformare questi ambienti di per sè difficili, per esempio con secolari opere di bonifica a carico delle zone umide, le specie a loro volte adattate a particolari tipi di salinità, substrato e velocità dell'acqua diventano rarissime o addirittura scompaiono, come i tipi di ambiente che li aveva selezionati. In senso più generale resistono forme relittuali, residui di fasi climatiche o geomorfologiche ormai scomparse, oppure al contrario esiste la possibilità che l'isolamento e la selezione caratterizzanti certi ambienti rari o rarefatti siano effettivamente in grado di evolvere nuove forme e nuove specie.
In ogni caso, i connotati della rarità floristica possono essere parametrizzati conteggiando anzitutto le specie esclusive (convenzionalmente presenti solo in Emilia-Romagna rispetto al restante territorio italiano - ne sono elencate 8 ma forse sono almeno una decina), poi le specie endemiche o subendemiche (cioè presenti in poche regioni oltre alla nostra - una ottantina di cui 8 già ricomprese tra quelle di interesse comunitario) e si tratta sempre - di regola - di entità poco frequenti in assoluto, oltre che legate ad ambienti molto particolari. A queste specie si affiancano quelle già classificate rare anche in senso più generale, secondo riscontri quantitativi e di vulnerabilità tratti dalla Lista Rossa della Flora d'Italia (2000) e da altri elenchi di specie indicatrici di habitat naturali particolari, molti dei quali di interesse comunitario. Si tratta fondamentalmente di specie di interesse fitogeografico, per le quali il territorio emiliano-romagnolo rappresenta un limite di distribuzione.
Questi sono i criteri di tutela che vanno ad aggiungersi a quelli con cui sono state individuate le specie della prima legge regionale di tutela della flora (n.2/1977), protette prevalentemente - ma non solo - per la loro vistosità e per altri interessi legati alla loro raccolta o al loro possibile utilizzo (anche forestale, ricomprendendo tra le altre alcune specie legnose tra le quali almeno quattro alberi).