La situazione faunistica in Emilia-Romagna presenta margini di incertezza, rispetto ad habitat e flora, se possibile ancora maggiori, non fosse altro per l’intrinseca dinamicità ed elusività delle popolazioni animali. Anzitutto le specie faunistiche d'interesse comunitario presenti - circa 200 delle quali 80 uccelli - sono molte di più rispetto a quelle floristiche poi, forse per la prima volta, l'obiettivo di tutela inquadra tutti gli aggruppamenti faunistici, da quelli che compongono la cosiddetta fauna minore (anfibi, rettili, chirotteri e altri micromammiferi) ad altri (insetti, molluschi, crostacei e altri invertebrati) dei quali solo di recente è emerso il ruolo di indicatori e protagonisti essenziali nella composizione degli habitat d'interesse conservazionistico.
Delle 120 specie - avifauna esclusa - che in base agli allegati alla Dir. 92/43/CEE "Habitat" risultano presenti in regione, solo 8 sono le specie prioritarie attualmente segnalate nei siti: lo Storione, pesce rarissimo, legato ad acque limpide, presente con due specie differenti (forse permane solo lo storione cobice) nelle acque del Po; la Rosalia alpina, coleottero cerambicide localizzato in alcune faggete ben conservate sull’alto Appennino; lo scarabeo Osmoderma eremita e la farfalla Euplagia quadripunctaria di ambienti collinari e planiziari; la testuggine di mare Caretta caretta, elusiva frequentatrice di alcune spiagge ferraresi e ravennati ancora poco frequentate; il rospo notturno dei fossi padani Pelobate fosco, ritenuto estinto ma presente con certezza, in base a recenti segnalazioni, in almeno 4 distinte stazioni del Parco del Delta e infine il Lupo, predatore elusivo e mobilissimo, avvistato in quasi tutti i siti che toccano il crinale appenninico.
La Lontra, uno dei mammiferi più rari d’Europa ("primo tra i non prioritari"), non fa più parlare di sé nel Delta del Po da quasi un ventennio, anche se un paio di siti rimangono importanti per vecchi quanto auspicabilmente reiterabili avvistamenti. Questo splendido animale risulta almeno per ora estinto in Emilia-Romagna. All'opposto negli ultimi anni si sta assistendo all'insediamento di specie finora sconosciute per la fauna regionale: si tratta ad esempio del gatto selvatico, probabilmente in espansione da sud attraverso i boschi appenninici, finalmente individuato con certezza nel folto delle Foreste Casentinesi.

Avifauna. Per quanto riguarda la componente ornitica, trattabile a parte anche in quanto oggetto della specifica Direttiva 79/409/CEE "Uccelli", storico riferimento per la protezione dell'avifauna, l'Emilia-Romagna annovera importantissime presenze ed irripetibili siti, veri e propri santuari per l’ornitologia europea e mondiale come, ad esempio, le Valli di Comacchio (FE), che ospitano attualmente 234 specie tra nidificanti o migratori e svernanti. Delle 510 specie che compongono la checklist italiana secondo EBN-ASOER (2003), 394 sono gli uccelli che trovano alimentazione, rifugio o siti di nidificazione in Emilia-Romagna, ed è un contingente tra i più numerosi per una regione italiana. Peraltro recenti studi mostrano che la maggior parte delle specie rare, quelle acquatiche o molto localizzate come Aquila e Gufo reale, dimorano pressochè esclusivamente all'interno dei territori regionali classificati come ZPS.
Delle 194 specie di interesse comunitario individuate in All. I, 80 sono quelle attualmente presenti in Emilia-Romagna, mentre occasionalmente può verificarsi l'avvistamento di esemplari erratici appartenenti ad almeno un'altra decina di specie. Sulle varie rotte di migrazione, sono stati ad esempio avvistati il Grifone o la Berta maggiore (che per natura non potranno mai formare qui popolazioni stabili), e non è improbabile - anzi auspicabile - l'osservazione di esemplari in sosta di Oca lombardella minore (più volte avvistata presso Comacchio), o Oca collorosso (avvistata negli anni '80 nel modenese e ferrarese) che potrebbero preludere, come è accaduto per il Fenicottero, ad un ritorno stabile di queste specie.
Di eccezionale importanza è la popolazione di Chlidonias hybrida (Mignattino piombato), per quanto riguarda l'Italia concentrata pressochè esclusivamente in Emilia-Romagna. Sebbene il trend dell’areale regionale di questa sterna sia nel complesso costante e la popolazione nidificante in incremento, si sta assistendo al deterioramento del grado di conservazione degli habitat importanti per la specie, il che la pone comunque in grave pericolo. Tra i nuovi arrivi, va segnalato il grande elusivo Picchio Nero, specie alpina con stazioni in Sila, che nelle Foreste Casentinesi ha iniziato a nidificare con regolarità, e per alcuni versi il coloratissimo e mediterraneo Gruccione, un tempo ritenuto accidentale, oggi nidificante in numerosi siti collinari con rupi sabbiose.