La Valutazione di incidenza rappresenta lo specifico procedimento amministrativo, di carattere preventivo, finalizzato alla valutazione degli effetti delle trasformazioni del territorio sulla conservazione della biodiversità.
A tale procedimento, vanno sottoposti i Piani generali o di settore, i Progetti e gli Interventi i cui effetti ricadano all'interno dei siti di Rete Natura 2000, al fine di verificare l’eventualità che gli interventi previsti, presi singolarmente o congiuntamente ad altri, possano determinare significative incidenze negative su di un sito Natura 2000, tenuto conto degli obiettivi di conservazione del medesimo.
La Deliberazione della Giunta Regionale n. 1191 del 30 luglio 2007 descrive le modalità operative di questo procedimento e individua (vedi Capitolo 3 dell'Allegato B) l’autorità competente all’approvazione della Valutazione di incidenza di ogni specifico caso (piano, progetto o intervento) .
Per alcuni progetti e interventi viene stabilito a priori che la loro attuazione non possa determinare un’incidenza negativa significativa sui siti; queste attività sono elencate nella Tabella E della citata Deliberazione n. 1191/2007.
Per queste attività non è quindi necessaria la Valutazione di incidenza (i soggetti gestori dei siti Natura 2000 possono escludere, o modificare in senso più restrittivo, le tipologie d'intervento indicate nella Tabella E, attraverso le misure specifiche di conservazione o l’eventuale piano di gestione del singolo sito Natura 2000. Parimenti, i soggetti gestori dei siti possono ampliare le tipologie d'intervento indicate nella Tabella E o individuare ulteriori tipologie d'interventi da esentare dalla procedura di pre-valutazione e di valutazione d'incidenza, a condizione che ciò sia stabilito ed adeguatamente motivato nel piano di gestione del singolo sito Natura 2000, approvato secondo le procedure di cui all’art.3 della L.R. 14 aprile 2004, n.7).
Per molte attività "comuni" spesso la procedura si limita ad una prima fase di pre-valutazione.
La pre-valutazione di incidenza è da considerarsi a pieno titolo una fase dell’intera procedura di valutazione di incidenza, per quanto concerne la decorrenza dei termini, i criteri per la sua effettuazione, gli ambiti di applicazione, ecc. ed è diretta all’analisi dei progetti e degli interventi più semplici e di minore rilevanza ambientale.
Il soggetto proponente, oltre ad inoltrare all’autorità competente il progetto o la domanda d´autorizzazione secondo i casi, in questa fase può limitarsi alla compilazione del modulo di pre-valutazione (Modulo A1 nel caso di progetti o Modulo A2 qualora si tratti d´interventi) che prevede la descrizione del progetto o dell’intervento e dell’area su cui dovrebbero essere realizzate le opere stesse.
L’istituto del silenzio-assenso non si applica in alcuna delle fasi previste per la valutazione di incidenza, per cui l’autorità competente all’approvazione del progetto o dell’intervento, anche nel caso in cui l’esito della pre-valutazione sia positivo, è sempre tenuta a comunicare formalmente l’esito della pre-valutazione al soggetto proponente, esplicitando le motivazioni che hanno determinato la decisione finale. Nello stesso tempo, l’autorità competente può anche prescrivere idonee misure di mitigazione, riducendo l’incidenza del progetto o dell’intervento sul sito stesso.
Per quanto concerne gli interventi periodici e ricorrenti che rientrano in attività di manutenzione ordinaria, come quelli relativi alla manutenzione dei fiumi, dei canali o dei sentieri, realizzati al fine di mantenere i corsi d’acqua o la rete sentieristica in efficienza, la Del G.R. n. 1191/2007 (vedi cap. 5 dell'Allegato B) prevede la possibilità di elaborare dei "disciplinari tecnici" concernenti la corretta esecuzione degli interventi.
A seguito dell'approvazione regionale dei disciplinari, tutti i progetti o gli interventi che si atterranno alle disposizioni tecniche ed alle modalità d'esecuzione previste nei disciplinari stessi non dovranno essere più soggetti ad ulteriori valutazioni d'incidenza.
In seguito a quanto disposto dalla Del G.R. n. 1191/2007, la stessa Regione Emilia-Romagna ha poi direttamente elaborato nel 2009 un disciplinare tecnico concernente gli interventi di manutenzione ordinaria degli ambienti pertinenti ai corsi d'acqua e alle opere di difesa della costa.