La tutela e la gestione dei Siti di Rete Natura 2000 avviene attraverso specifici strumenti appositamente individuati dalla normativa europea.
La Regione e gli Enti gestori dei Siti (Parchi e Province) sono dunque chiamati ad emanare ed attuare:

• le Misure di Conservazione generali e specifiche,
• i Piani di Gestione,
• le Valutazioni di incidenza,
• il Monitoraggio sullo stato di conservazione della biodiversità nei Siti e in tutta la Regione,
• i Progetti LIFE.

Per quanto concerne la Pianificazione territoriale, è evidente che essa si dovrà integrare con gli istituti specifici propri della Direttiva Habitat, è quindi indispensabile che Misure di Conservazione ed eventuali Piani di Gestione vengano recepiti e trovino rispondenza nell'elaborazione di Piani Territoriali di Coordinamento Provinciale, PSC, Piani Territoriali dei Parchi regionali, Norme di Gestione delle Riserve naturali, Piani di Assestamento forestale e di tutta la Pianificazione specifica di settore (Attività Estrattive, Rifiuti, Infrastrutture, Energia, ecc.).

Al fine di promuovere concrete azioni di tutela da parte degli Enti gestori Parchi e Province, volte ad una gestione oculata e sostenibile dei Siti della Rete Natura 2000, la Regione ha attivato la specifica sottomisura del Programma di Sviluppo Rurale (PSR) 2007-2013 Realizzazione delle misure specifiche di conservazione e dei Piani di gestione dei siti Natura 2000 ed ha approvato il bando relativo con Delibera di Giunta n. 2253 del 28 dicembre 2009.