La Rete ecologica Natura 2000 è costituita dall’insieme delle aree (siti) individuate per la conservazione della diversità biologica. Essa trae origine dalla Direttiva dell'Unione Europea n. 43 del 1992 ("Habitat") finalizzata alla tutela di una serie di habitat e di specie animali e vegetali particolarmente rari indicati nei relativi Allegati I e II. La Direttiva “Habitat” prevede che gli Stati dell'Unione Europea contribuiscano alla costituzione della rete ecologica europea Natura 2000 in funzione della presenza e della rappresentatività sul proprio territorio di questi ambienti e delle specie, individuando aree di particolare pregio ambientale denominate Siti di Importanza Comunitaria (SIC), che vanno ad affiancare le Zone di Protezione Speciale (ZPS), previste dalla Direttiva n. 409 del 1979, denominata "Uccelli".
In Emilia-Romagna un primo censimento delle specie e degli habitat finalizzato all'individuazione dei SIC è stato avviato nell'ambito del progetto Bioitaly (1995). A seguito di tale rilevazione, furono individuati per il territorio regionale 111 pSIC (Siti di Importanza Comunitaria proposti) contenuti nel Decreto del Ministero dell'Ambiente del 3 aprile 2000. Con Deliberazione della Giunta Regionale n. 2042 del 21.11.2000 viene però segnalata l'opportunità di ritirare la proposta di istituzione per 7 di questi siti, in quanto si riteneva non fossero effettivamente idonei.
Nel 2002 la Regione riprese la perimetrazione delle aree pSIC esistenti, ravvisando la necessità di provvedere ad una migliore definizione cartografica delle aree sulla base di motivazioni tecnico-scientifiche e, contemporaneamente, all'individuazione di ulteriori territori da sottoporre a tutela: fu approvato un nuovo elenco di 113 pSIC attraverso le deliberazioni della Giunta Regionale n. 1242 del 15.7.02, n. 1333 del 22.7.02 e n. 2776 del 30.12.03, per una superficie complessiva di quasi 195.000 ettari, con un incremento di circa 12.000 ettari.
La Commissione Europea, con la Decisione 2004/798/CE del 7 dicembre 2004, ha confermato tutti i 113 siti proposti in Emilia-Romagna individuandoli come SIC (Siti di Importanza Comunitaria).
Analogamente, ai sensi della Direttiva n. 409 del 1979, l'individuazione delle Zone di Protezione Speciale (ZPS) inizia nel 1988 con la designazione di 11 aree, l'elenco si è poi arricchito negli anni successivi fino ad arrivare alle 41 ZPS riportate nell'allegato al già citato D.M. 3 aprile 2000. La richiesta dell'Unione Europea nei confronti dello Stato italiano di incrementare le aree ZPS, ha portato il Ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio ad avanzare alle Regioni ulteriori proposte di Zone di Protezione Speciale.
La Regione Emilia-Romagna ha quindi attivato nel corso dell'anno 2003 un'ampia consultazione con gli Enti locali interessati e, partendo dalle proposte avanzate dal Ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio ha individuato, attraverso la deliberazione n. 1816 del 22.9.03, un nuovo elenco, portando le ZPS da 41 a 61 ed incrementandone la superficie di circa 58.000 ettari, fino a raggiungere una superficie complessiva di oltre 155.000 ettari.
Il 25 marzo 2005 il Ministero dell'Ambiente ha pubblicato due Decreti, uno contenente l'elenco dei SIC, l'altro l'elenco delle ZPS nazionali: a tale data, i 113 SIC e le 61 ZPS dell'Emilia-Romagna si estendevano per 236.500 ettari.
A seguito della successiva fase di aggiornamento delle perimetrazioni dei siti Natura 2000, la Regione Emilia-Romagna ha approvato con deliberazione n. 167 del 2006, integrata dalla 456, alcune modifiche ed ha individuato ulteriori nuovi siti, fissando la Rete Natura 2000 in Emilia-Romagna intorno a 146 aree estese: i SIC sono 127, mentre le ZPS sono 75 (è da rimarcare che ben 56 di queste aree sono coincidenti, SIC e ZPS).
Con la deliberazione n. 512 del 20 aprile 2009 vengono proposti ulteriori aggiustamenti ma alcuni di essi verranno poi respinti dalla Commissione Europea con la Decisione 2011/64/UE del 10 gennaio 2011.
Con le deliberazioni 145 e 242 del febbraio 2010 la Regione ha proposto anche l'istituzione del sito marino "Relitto della piattaforma Paguro" al largo della costa ravennate e di quattro siti che contengono la Rete Natura 2000 dei sette Comuni transitati nel 2009 dalla provincia di Pesaro-Urbino (Regione Marche) a quella di Rimini. Nella fase transitoria che precede la ratifica di queste ultime proposte, le citate deliberazioni 145/10 e 242/10 sono da ritenersi valide sin dal febbraio 2010 a salvaguardia di nuovi territori che vanno ad aggiungersi alla Rete Natura 2000, mentre le modifiche volte a ridurre i siti non hanno valore sino al completamento dell'iter delle nuove proposte. Attualmente, le riduzioni sono da ritenersi formalmente accolte per quanto riguarda la designazione come ZPS in quanto, in data 11 agosto 2010, esse sono già state ratificate da parte del Ministero; per quanto riguarda i SIC è invece necessaria anche una ulteriore successiva valutazione da parte della Commissione Europea che si esprimerà in merito attraverso le proprie "Decisioni".
In seguito all'ingresso in Emilia-Romagna dei nuovi 7 comuni e all'individuazione del sito marino "Relitto della piattaforma Paguro" i SIC diventano 134, le ZPS 81 (62 le aree coincidenti su 153 complessive) per un totale di 265.270 ettari, pari al 12% della superficie regionale, dei quali 258.102 convalidati in seguito alla Decisione 2011/64/UE del 10 gennaio 2011 e 7.168 in attesa di conferma da parte della Commissione Europea.
Lo strumento di cofinanziamento europeo per l'ambiente, mirato alla conservazione degli habitat e delle specie di interesse comunitario è il LIFE Natura, al quale si deve aggiungere la quota dei Fondi Strutturali del Piano Regionale di Sviluppo Rurale 2007-2013 dedicati alla Rete Natura 2000.
Il Programma per il sistema regionale delle Aree protette e dei siti Rete Natura 2000 a sua volta interpreta ed estende il concetto di rete ecologica, creando i presupposti per un suo ampliamento e una miglior tutela attraverso l'individuazione delle Aree di Collegamento Ecologico. Le Aree di Collegamento Ecologico, già previste dall'art. 7 della Legge Regionale 6 del 17.02.2005, vengono trattate al paragrafo 6.4 nel testo del citato Programma regionale (Allegato A) e nell'Elaborato tecnico n. 3 (Allegato E).
L’istituzione di 134 Siti di Importanza Comunitaria (SIC) per la tutela degli ambienti naturali e di 81 Zone di Protezione Speciale (ZPS) per la tutela dell'avifauna rara costituisce un traguardo importante per la realizzazione di una rete di aree ad elevato pregio ambientale. Rete Natura 2000 si estende per 265.270 ettari corrispondenti a circa il 12% dell’intero territorio regionale. Considerando anche le aree protette (Parchi e Riserve Naturali regionali e statali) esterne alla rete, si raggiunge un totale di 325.243 ettari (14,5% della superficie regionale).
Si tratta di un patrimonio naturale unico ed irripetibile, inserito in un territorio variegato e ricco di peculiarità: per oltre ventimila chilometri quadrati la vasta pianura continentale, la costa sabbiosa e l’estesa coltre appenninica, non particolarmente elevata (solo un paio di siti oltrepassano, di poco, i 2.000 m) ma di conformazione quasi sempre aspra e tormentata, conferiscono caratteri di estrema variabilità alla rete ecologica regionale.
Elevatissima, dunque, risulta essere la biodiversità propria di questo territorio, accentuata dalla dislocazione geografica, vero e proprio limite di transizione tra il Continente fresco ed umido ed il Mediterraneo caldo ed arido.
Il paesaggio dell’Emilia-Romagna, che trae le proprie caratteristiche dal complesso e millenario rapporto tra vicende naturali e modificazioni antropiche, peraltro drasticamente irreversibili in quasi tutta la pianura, rispecchia questa ampia varietà in una serie quasi infinita di varianti naturali, a volte di notevole estensione (la Sacca di Goro, il Grande Po, le Foreste Casentinesi, le praterie dei monti Cimone e Cusna), più spesso di ridotta e frammentata superficie, limitata in recessi quasi nascosti, veri e propri microcosmi brulicanti di vita, ma sempre di grande rilevanza naturalistica.
I SIC e le ZPS, coincidenti dal 2010 in 62 casi e localizzati in corrispondenza di 153 aree distribuite da Piacenza a Rimini e dal Po al crinale appenninico, annoverano 1 area marina, 7 aree costiere e 11 subcostiere, con ambienti umidi salati o salmastri e con le pinete litoranee; 47 aree di pianura, con ambienti fluviali, zone umide d’acqua dolce e gli ultimi relitti forestali planiziali; 62 di collina e bassa montagna, con prevalenza di ambienti fluvio-ripariali (7), forestali di pregio (9) oppure rupestri, spesso legati a formazioni geologiche rare e particolari come gessi, calcareniti, argille calanchive e ofioliti (46); 25 di montagna a quote prevalenti superiori agli 800 m, con estese foreste, rupi, praterie-brughiere di vetta e rare torbiere, talora su morfologie paleoglaciali (10).

