La bibliografia di Rete Natura 2000 è vastissima e in costante aumento per aggiornamenti pressochè continui. Per quanto riguarda l'Emilia-Romagna, le fonti informative spaziano da studi specifici di vario tipo (analisi territoriali, cartografiche, ambientali) alla rassegna bibliografica pressochè completa delle medesime tematiche. Oltre ai riferimenti reperibili in relazione agli specifici argomenti, riguardanti in particolare habitat e specie, oltre alle fonti europee, ministeriali e locali anche di regioni limitrofe in gran parte consultabili sul web, si segnala per l'Emilia-Romagna, e in specifico per un inquadramento delle tematiche a scala territoriale d'area vasta, la seguente rassegna di pubblicazioni divulgative e scientifiche limitata ai soli titoli fondamentali. Dal catalogo generale delle pubblicazioni del Servizio Parchi e risorse forestali, si segnalano in particolare i volumi della Collana naturalistica e della Collana Aree protette, i cui titoli singolarmente consultabili vengono omessi per brevità dagli elenchi che seguono.