Whole genome sequencing and metagenomics for outbreak investigation, source attribution and risk assessment of food‐borne microorganisms
Ambito sintetico: Rischio Biologico
Sintesi a cura dell'Università di Parma:
Sequenziamento del genoma e metagenomica per l'indagine di epidemie, attribuzione della fonte e valutazione del rischio relativo a microrganismi di origine alimentare
Il presente parere prende in considerazione l'applicazione del sequenziamento dell'intero genoma (WGS) e delle tecniche conosciute come “metagenomiche” per le indagini sulle epidemie, l'attribuzione delle fonti e la valutazione del rischio relativo a microrganismi patogeni presenti negli alimenti. Il WGS offre il più alto livello di discriminazione dei diversi ceppi batterici per le indagini sui focolai di batteri provenienti da alimenti. Inoltre, aiuta all'attribuzione delle fonti di contaminazione, nonché ad una potenziale identificazione univoca dell’origine dei pericoli, facilitando in tal modo una valutazione più mirata dei rischi ed una gestione degli stessi. Il WGS migliora il collegamento di casi sporadici associati a diversi prodotti alimentari e regioni geografiche ad un focolaio di fonte puntuale e può facilitare indagini epidemiologiche, consentendo anche l'uso di genomi precedentemente sequenziati. L'attribuzione della fonte può essere favorita da una migliore identificazione delle vie di trasmissione, attraverso l'integrazione di fattori spazio-temporali, il rilevamento della trasmissione multidirezionale e delle interazioni patogeno-ospite. La metagenomica ha il potenziale di poter monitorare i determinanti genetici correlati al rischio ed alla valutazione dinamica della composizione e funzionalità di comunità microbiche complesse. Il WGS fornisce inoltre ulteriori informazioni sulla natura e la localizzazione a livello molecolare dei determinanti della resistenza antimicrobica. I dati interoperabili svolgeranno per cui un ruolo importante nell'uso futuro delle tecniche di WGS e metagenomiche. Lo sviluppo di una rete di laboratori basata su sistemi operativi armonizzati e controllati a livello europeo e in tutto il mondo, è essenziale per lo studio di focolai transfrontalieri e per lo sviluppo di valutazioni del rischio di microrganismi di origine alimentare, che siano standardizzate a livello internazionale.